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Marie Laure Delignette-Muller
Teaching - Research - Packages

Last update : March 25th, 2024

Professor in Biostatistics
VetAgro Sup, Campus vétérinaire de Lyon
1 avenue Bourgelat
69 280 Marcy l'Etoile (France)
Contact :

Laboratoire de Biométrie et Biologie Evolutive
UMR CNRS 5558
Département Ecologie Evolutive
Université Lyon 1
43 Boulevard du 11 Novembre 1918
69622 Villeurbanne Cedex (France)

Teaching
Ressources in French or English

Biostatistique (méthodes de base) : polycopié de cours, un guide R (nouvelle version utilisant ggplot2), un aide-mémoire pour l'utilisation des tests (+ diaporama associé), des diaporamas sur la statistique descriptive, l'estimation statistique, le principe des tests statistiques, les comparaisons de fréquences et distributions, les comparaisons de moyennes, la corrélation linéaire, la régression linéaire simple et le calcul de puissance.
Modèles de régression

Le modèle linéaire : diaporama, introduction to linear models, guide R, difficulté de prise en compte des facteurs de confusion.
Le modèle linéaire mixte : diaporama, guide R (avec lmer() du package lme4).
Introduction à la régression non linéaire (introduction to non linear regression) : diaporama, link to the nlstools vignette.
"How to build and interpret regression models": slides

Analyse de données longitudinales (ou mesures répétées dans le temps), "diverses approches et leurs limites" : diaporama.
Programmation et représentations graphiques avec R : exercices d'introduction à la programmation R et à la représentation des données avec ggplot2 (et fichier de données associé),diaporama d'introduction à l'utilisation de graphics et ggplot2, guide d'utilisation de graphics, guide de manipulation de données et automatisation de leur analyse avec R (non actualisé depuis 2012).
Inférence bayésienne (Bayesian inference) : main probability distributions, introduction to Bayesian inference in ecotoxicology (not updated since 2014), introduction to the use of JAGS et rjags, choix des distributions a priori,
et guide d'utilisation de JAGS et rjags.
Ajustement de distributions (fitting of distributions) : spécification d'une loi de distribution (non actualisé depuis 2012), link to the fitdistrplus package vignette and its FAQ.
Statistique et expérimentation animale - points de vigilance

Divers autres présentations : notions de confusion et interaction entre facteurs, estimation de valeurs de référence et mise au point d'un test diagnostique, prise en compte des données censurées à gauche (en dessous d'une limite de quantification), appréciation quantitative des risques en microbiologie alimentaire (non actualisé depuis 2012), microbiologie prévisionnelle (non actualisé depuis 2011).

Research

I develop models and inference methods in the context of risk assessment in the field of health and environmental risks. My objective is to propose models/methods useful to researchers to better understand risks, and useful to managers to define risk indicators. My areas of expertise are: hierarchical models, non-linear models, dose-response models, in particular dose-response modeling of omics data, Bayesian inference.

My publications are listed exhaustively on my Google Scholar profile and my most recent papers are available on my CV HAL.

Main recent or current projects

EC2CO 2024-25 DRing "Modélisation dose-réponse automatisée adaptée à la diversité des données et des tendances observées en écotoxicologie - Automated Dose-Response modeling adapted to the diversity of data and trends observed in ecotoxicology."
EC2CO 2023-2024 GAMMARRI "Caractérisation de la réponse moléculaire des gonades (mâle et femelle) de l’amphipode GAMMArus fossarum, après irradiation γ, pour la compréhension des mécanismes de Reprotoxicité Radio-Induite
EC2CO 2021-22 ECORA « Molecular and ecological responses of wildlife after chronic exposure to a radiocontamination in Chernobyl exclusion zone »
H2O’Lyon 2020 : six month post-doc extension for the H2020 MicroERA project.

EC2CO 2019 DROMADERE « Développement sous R d’outils de modélisation pour l’analyse des données « omiques » en vue de l’évaluation du risque écotoxicologique »

ECOANTIBIO 2019 « COBAYE : analyse bayésienne des données de résistance à la colistine collectées au sein du RESAPATH »

MicroERA – H2020-MSCA-IF-2015 « Ecological Sensitivity Distribution (ESD): integrating molecular-based structural and functional microbial community responses in a new tool for environmental risk assessment of chemicals »

Packages

I am involved in the development of R packages among which :

fitdistrplus : an R package to help the fit of distributions on censored or non censored data.
nlstools (with example in predictive microbiology in nlsMicrobio) : an R package to help the fit of non linear models.
: an R package for dose response modelling of omics data with two shiny applications (see the web page for more information)